Nato a Prato nel 1457, è al centro di un'avvincente vicenda pittorica: figlio di Filippo Lippi (Firenze, 1406-1469), celebre pittore fiorentino nonché frate carmelitano e della monaca Lucrezia Buti, fuggita per amore dal Convento di Santa Margherita di Prato nel 1456, il giovane Filippino cresce a Prato in stretto contatto con il lavoro del padre come garzone nella sua bottega.

Nel 1472 è documentata la sua iscrizione come "dipintore chon Sandro di Botticello". Tra la pittura di Filippino e quella del Botticelli esiste infatti una compenetrazione stilistica, che crea una simbiosi di linguaggi, nonostante le variabili legate alle singole personalità.
Giorgio Vasari, ammiratore e collezionista dei disegni di Filippino, lo definì "di bellissimo ingegno e di vaghissime invenzioni" (1568).
Partendo dai comuni modelli del Lippi padre, le Madonne di Filippino Lippi esprimono già le tensioni mistico-religiose dell'ultimo quarto di secolo, dominato dalla figura del Savonarola.
La sua pittura è carica di risvolti esoterici legati alla cultura archeologica del tempo ed esercita sui contemporanei un'influenza determinante soprattutto nel ricorrente uso delle grottesche.